虽然端砚是由天然石材雕刻琢磨而成，可以历经千年而不坏，但由于石质在天然成形以及开采加工的过程中依然会出现一些不利研墨、不甚美观、影响使用的一些瑕疵，归纳总结如下：
一、常见的不利于研墨的三种瑕疵
1、五彩钉
五彩钉也叫做五彩斑，是一些颜色多样的结晶斑块状图案，大多在中央或周边会出现石英质的硬物，类似于沙子被淤泥裹住。这是只在老坑砚石中出现的瑕疵，因此有人以此判断是否为老坑石质。五彩钉抗墨难研，很坚硬，在雕刻时难以入刀，有时也能以此而产生创意。
2、铁捺
端砚石因某些部位集中较多的铁元素，使得硬度较高，雕刻时和五彩斑相似，入刀不易，并影响磨墨效果。判断铁捺要看是否有油涎光，是一种钢灰色的反光现象，像抹了油。铁捺也常常出现在老坑。
3、铁线
铁线是端石在形成过程中的隙缝被氧化铁填充而成，质地不同于端石，有碍于研墨与美观，受撞击容易沿线断裂。
二、可以利用的两种瑕疵
4、虫蛀
端石在形成的过程中容易混入一些其它相对不那么致密的杂质，导致部分石质像被虫蛀过一样。一般在分割端石时将其置于周边位置，虫蛀虽是瑕疵，但通常可利用其自然朴实之美从而在雕刻创作中可变为名贵的“花纹”。虫蛀常见于麻子坑。
5、朱砂钉
朱砂钉呈朱砂色，又称朱砂斑，质地比砚石稍硬，无碍于研墨。朱砂钉一般为黄豆大小，巧于设计利用的话是很好的点缀。
三、尽量避免的瑕疵
6、裂纹
广义的裂纹在端砚中很常见。
冰纹、金银线等由于在地质变化中形成的筋纹是无害的，是一种“愈合”了的石纹。需要避免的是开裂，开采与制作过程中外力冲击容易造成开裂，摸上去有轻微的刮手感。
石之筋