马六甲苏丹回教堂是一座重要的历史遗址，它在不同方面对后世产生了深远的影响。以下是其对后世最大的影响和意义。
1. 建筑风格的传承：马六甲苏丹回教堂以其精美的建筑风格独具一格，模仿了15世纪马六甲王国苏丹的宫殿建筑风格。这种建筑风格在后来的马来西亚建筑中得到了广泛的传承和发展，成为了该地区独特的文化符号。
2. 伊斯兰文化和影响的传播：该回教堂的存在以及其历史背景为人们提供了对马来西亚伊斯兰文化的研究和了解的机会。它成为了传播伊斯兰文化和价值观念的重要场所，对于当地和国际游客来说都是具有吸引力的地方。它帮助增强了马来西亚作为一个伊斯兰国家的身份认同。
3. 文化遗产保护和旅游的重要象征：马六甲苏丹回教堂作为一座历史建筑，它的存在和保护彰显了对文化遗产的重视和保护。这座建筑的保护和修复工作对于保护历史遗产和吸引游客来说都非常重要，是文化旅游的重要象征之一。
4. 历史研究的重要资源：马六甲苏丹回教堂的存在以及与之相关的历史背景为历史学家、学者和研究人员提供了宝贵的研究资源。它帮助人们深入了解马来西亚历史，并对15世纪的马六甲王国苏丹时期有更全面的认识。
马六甲苏丹回教堂对后世产生了深远的影响。它的建筑风格被传承和发展，成为马来西亚文化的一部分，同时也作为伊斯兰文化的重要象征传播。它的存在和保护对文化遗产保护和旅游产业发展起到重要的推动作用。此外，它还为历史研究提供了宝贵的资源，帮助人们更好地了解马来西亚的历史。
